主要組織相容性抗原（MHC抗原）是一類影響同種異體動物組織器官發生移植排斥反應的抗原， MHC 抗原主要分為兩類： I 類抗原和 II 類抗原。小鼠的 MHC 抗原又稱為 H-2 抗原， H-2 基因復合體位于小鼠第17號染色體上。小鼠 MHC 分子由11個亞類組成，分為：經典的 MHC  I 類分子（也叫做 MHC-Ia ），包括 H-2D，H-2K 和 H-2L；非經典的 MHC  I 類分子（MHC-Ib），包括 H-2Q，H-2M 和 H-2T；經典的 MHC  II 類分子（MHC-IIa），包括 H-2A(I-A)，H-2E(I-E) 和 H-2P ；非經典的 MHC  II 類分子（MHC-IIb），包括 H-2M 和 H-2O 。

小鼠的 MHC I 類分子由一條 45 kD大小高度糖基化重鏈和 12 kD大小的 β2 微球蛋白（ beta  2-microglobulin， β2-MG ）以非共價鍵形式相連組成。MHC II類基因位于H-2 I區域，II類抗原包含一條33 kD大小的 α 鏈和一條 28 kD大小的 β 鏈。

MHC I類抗原幾乎在所有的有核細胞上表達，主要作用是能夠將自身病變細胞（病毒感染細胞或癌變細胞）的抗原信息展示給 CD8⁺ 的細胞毒性 T 細胞。 MHC II 類抗原表達與抗原遞呈細胞上（包括 B 細胞、單核細胞/巨噬細胞、 DC 細胞、朗格漢斯細胞等），主要功能是將抗原遞呈細胞加工處理后的抗原信息呈遞給 CD4⁺ T 細胞。

MHC分子具有高度多態性的特點，但是由于實驗室小鼠都是近交系小鼠，所以每一個品系的小鼠都具有獨特的 MHC 單倍型。不同小鼠品系的 MHC 單倍型用小寫字母（a、b、d、k、q、s等）進行命名區分，比如 BALB/c 小鼠的MHC單倍型為 H-2K^d、 H-2D^d、 H-2L^d、 I-A^d 和 I-E^d 。

實驗室常用小鼠單倍型及同種異型抗原